中国中医科学院望京医院建院于1997年1月，由原中国中医研究院骨伤科研究所、北京针灸骨伤学院附属医院和骨伤系合并组建。经多年建设，现已发展成一所以中医骨伤科为重点，其他学科同步发展，集医疗、科研、教学为一体的三级甲等中医医院。
医院占地面积78亩，建筑面积67870 m2，固定资产3.56亿元，编制床位1100张，开放床位688张。设有13个职能处室、32个临床科室、9个医技科室、20个病区、2个三级实验室、13个教研室。设有社区卫生服务站和120望京急救站。
医院现有职工1068人，其中：高级职称149 人，博士生导师13人，硕士生导师21人，北京中医药大学七年制本硕连读导师74人；医学博士42 人，医学硕士138 人；享受国务院政府津贴专家17人；名老中医2 人，北京市名老中医 5 人；中国中医科学院首席研究员2人，学科带头人7人。
医疗服务。医院设有重症监护病房（ICU）、心血管内科（内设CCU）、肾病内分泌科、呼吸科、风湿病科、肿瘤科、脊柱一科、脊柱二科、创伤一科、骨伤综合科、骨关节一科、骨关节二科、骨关节三科、骨关节四科、外一科、外二科、妇科、儿科、针灸科、血液净化中心、治未病科等。医院地处望京，承担着近30万人口的急、慢、重症的医疗救治服务工作以及妇幼保健、计划免疫等六位一体的预防保健任务。医院科室齐全，诊疗设备先进；门诊宽敞整洁，病房舒适温馨，环境幽雅。
望京医院中医骨伤科是国家临床重点专科、国家中医药管理局中医骨伤科学重点学科、国家中医药管理局重点专科、国家中医药管理局筋伤治疗手法重点研究室。中医骨伤科为医院的优势专业科室，在脊柱、关节、创伤三个方向设8个临床科室；开设了项痹病（颈椎病）、腰痛病（腰椎间盘突出症）、拇外翻和骨蚀（股骨头坏死）等优势专病门诊，以及24小时开放的骨科急诊；在中医骨伤治疗上独具特色，部分专病的治疗在国内外居领先水平，现已初步形成了亚专科相对齐全、设备先进，技术优良，整体实力较强，中医特色明显，学缘结构合理，能够为患者提供骨伤科全面医疗服务的优势临床专科。
肾病内分泌科是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科。以慢性肾衰竭、糖尿病肾病、慢性肾脏病、尿路感染作为重点病种。常规运用中药口服、中药结肠透析、中药熏洗、外治等多种疗法，尤其在慢性肾脏病、糖尿病肾病等多种慢性肾脏病的治疗方面见长，中医疗效肯定。
脾胃病科是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点专科。脾胃病科传承路志正国医大师的临证经验和学术思想，在脾胃病和肝胆疾病的诊治方面，立足传统中医药，突出中医特色疗法，如：中药汤剂口服、针刺、灸法、穴位敷贴、中药灌肠、穴位注射、中药离子导入、结肠水疗、推拿、耳针、拔罐、穴位埋线、中药熏蒸泡脚、电针、电腊疗、自血疗法、放血疗法、刺血疗法等，以人为本，综合治疗，在常见病、疑难病和急危重病的诊治方面均取得满意的临床疗效。
急诊科是全国中医急诊临床基地建设单位。急诊科设有抢救室、急诊重症监护室（EICU）、急诊病房等，设有心、脑血管绿色通道。目前，正在筹建导管室。
风湿病科国家中医药管理局重点专科。风湿病科采用综合疗法，辨证使用中药汤剂、离子导入、熏蒸、泡洗等疗法，治疗类风湿关节炎、强直性脊柱炎、成人斯蒂尔病。
重症医学科是国家中医药管理局十二五重点专科培育项目。科室配备动态空气消毒系统。对各种昏迷、休克、呼吸衰竭、脓毒症、ARDS、MODS、围手术期支持等急、危重症有丰富的中、西医救治经验。
肿瘤科是国家中医药管理局重点专科。以骨转移瘤、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、妇科肿瘤等为优势病种。针对优势病种该科形成了一整套中医特色综合疗法，如骨转移瘤，在“平衡阻断”疗法指导下，以益肾骨康汤口服，骨痛贴和骨康膏外治，能有效提高生活质量、延长生存期。运用中药穴位注射疗法和耳穴埋豆法，有效改善患者恶心、呕吐等症状。
呼吸科是国家中医药管理局重点专科。以COPD、肺炎、支气管哮喘为临床研究重点及特色优势病种。经过长期的临床医疗实践积累，确立了“益气化痰平喘法”为COPD稳定期治疗的方案，多项研究证实：这一疗法可有效的减少COPD急性加重次数，延缓肺功能的下降，阻止病情进展，改善生活质量。该以“疏风宣肺止咳”法治疗感冒后咳嗽并开展戒烟门诊、冬病夏治。
药剂科是首批国家中医药管理局临床药学重点专科、北京市首批示范中药房、北京市药物警戒站单位。针灸科是全国针灸医疗中心北京分中心，院级重点专科。
针灸科在脑血管病、痛证、脾胃病的治疗方面形成完整的治疗体系。该科首创的“颅底七穴”法对于帕金森病、特发性震颤及自主神经功能紊乱相关的多种病症具有较好治疗作用；该科总结的改良“合刺”针法对于癫痫疗效显著。
妇科是院级重点专科。采用一方三法即同一方药，分别予口服、灌肠、中药离子导入治疗慢性盆腔炎，疗效满意。施行各种妇科手术如附件切除术、子宫切除术。妇科腔镜微创手术为优势项目。
心血管内科是院级重点专科。运用中医药治疗心血管疾病重在整体调节，具有多靶点、多途径、多层次整合作用。该科自拟中药“心竭宁方”治疗慢性心力衰竭可明显改善临床症状，提高运动耐力，有效缩短病程，显著提高心衰患者的生活质量；“増率复脉汤”治疗缓慢性心律失常可有效提高心率，部分患者可避免或推迟安装起搏器，采用中西医结合治疗高血压使血压得到很好的控制。
手术麻醉科拥有现代化层流手术间和先进的麻醉机、BIS监护仪、各类微创手术配套腔镜设备、低温等离子射频等一流的手术设施。
儿科是北京市中医儿科诊疗中心建设单位。综合运用穴位贴敷、中药口服、推拿捏脊等方法治疗厌食，便秘，急、慢性腹泻疗效良好，尤其对迁延性、慢性腹泻具有独特疗效；采用伏九贴敷疗法治疗哮喘、过敏性鼻炎、反复呼吸道感染，取得了良好的临床疗效。
科学研究。建院以来，承担各级课题260项，包括“863”计划、“973”专项、国家“十五”攻关计划、“十一五”科技支撑计划、中医药行业专项、国家自然科学基金等课题83项；获得国家科学技术二等奖3项，省部级科研奖37项（其中北京市科学技术奖9项，国家中医药管理局科学技术奖1项，中华医学科技奖1项，中华中医药学会科学技术奖11项、著作奖10项，中国中西医结合学会科学技术奖5项），其他科研奖22项；获国家专利19项，在核心期刊发表学术论文1168篇，主编出版著作116部。拥有中药药理（骨伤）和生物力学两个国家中医药管理局中医药科研三级实验室及国家中医药管理局筋伤治疗手法重点研究室。承办中国科技核心期刊《中国骨伤》。
特色医疗技术——中西医结合治疗拇外翻技术
中西医结合治疗拇外翻遵循“筋骨并重、内外兼治”的古训，采用微创技术和中医正骨手法与小夹板纸压垫并用的中西医结合治疗原则，形成了规范科学的中西医结合治疗体系，实现了拇外翻疗法的理论创新、技术创新。获2002年国家科学技术进步二等奖。
特色医疗技术——“旋提手法治疗神经根型颈椎病的临床和基础研究及应用”
该项成果继承创新传统旋转手法，建立旋提手法及操作规范；采用多中心随机对照方法，自主研发旋转手法操作力学测量仪、人体压痛力学定量测试仪等，创立一种手法量化考核新模式；建立动态同步髓核内压力测量方法和三维激光脉冲式动态摄像系统；将神经根型颈椎病的传统治疗手法上升到可量化、可重复、适宜推广的科学高度。
特色医疗技术——SARS后骨坏死的证候及中医药治疗（国家科学技术进步二等奖）
做为北京市卫生局指定的“SARS继发骨坏死诊疗专家组”中医组组长单位，参加了SARS后股骨头坏死诊疗方案的制定，以中药多途径为特色的中医治疗方法获得了公认的疗效。做为中医瘟疫研究及其方法体系构建中的重要组成部分，获得了国家科技进步二等奖。
教育教学。医院是中医骨伤科学、中医内科学、中西医结合临床博士点，是中医基础理论、中医骨伤科学、中医内科学、中西医结合临床、针灸推拿学、中西医结合基础硕士点，博士后流动工作站，国家中医药管理局继续教育基地，住院医师规范化培训基地，国家中医药管理局师承教育单位，国家中医药管理局名医工作室，北京市中医药薪火传承“3+3”工程室站建设单位，北京中医药大学临床教学医院。
建院以来共培养博士研究生49名，硕士研究生147名， 11名博士后进站工作，并培养了来自韩国、日本、瑞士、港澳台等国家和地区的硕士、博士共17名；培养北京中医药大学本科生633名、留学生129名、七年制中医专业本硕连读学生344名；接收来自全国各地进修生1200余名。
学术影响。医院是中华中医药学会骨伤分会、中华中医药学会针刀分会、世界中医药学会联合会骨伤专业委员会、北京中医药学会骨伤科专业委员会的挂靠单位，多名专业技术骨干在中医、中西医结合、民族医药等一级学会中担任主要职务；承办《中国骨伤》杂志，被美国《医学索引》（IM/MEDLINE)收录，在骨伤专业领域内有较大的学术影响；通过学科建设、专科专病建设、组织重大科研课题研究等工作，与各协作单位建立了良好的科研、医疗、教育等全方位协作关系，在中医、中西医结合、民族医药等领域的学科建设中具有一定的引领作用，较好地带动了行业学术发展。
近年来，医院举办了多次以骨伤科为主的全国性、国际性学术交流会议，提升了学术影响。作为WHO传统医学临床与信息合作中心的一部分，多年来与美国、俄罗斯、韩国、日本、新加坡、德国、瑞士、科特迪瓦、香港等多个国家和地区开展了广泛的医疗合作与学术交流，并承担了WHO西太区传统医学临床实践指南中神经根型颈椎病指南、桡骨远端骨折指南的制定工作。
应急救治能力。医院拥有一支中医应急救治和快速反应能力的医疗技术队伍，配备专门的应急救治设备及相应器材，已建立了包括急诊急救绿色通道在内的中医应急体系，曾在多次重大突发事件中圆满完成了医疗救治任务。
发展规划。医院以“突出特色，中西并举；注重服务，拓展功能；完善机制，强化管理；整合资源，协调发展”为十二五发展规划的基本原则，确定了“坚持中医院办院方针，以提高医疗技术水平、服务质量和满足区域医疗需求、提升核心竞争力为主体，以骨伤科临床研究基地和中医康复治疗中心建设为两翼，全面推动医院各项工作迈上新台阶”的发展战略。明确了医疗、科研、教学等方面的重点任务和保障措施，通过中医康复治疗中心和骨伤科临床研究基地建设，拓展医院的服务功能，进一步提升综合实力。
医院规划中的中医康复治疗中心48000 m2 、综合楼24000 m2，新大楼建成后，医院总建筑面积将达137705m2 ，能满足日门诊量8000人次、开放床位1100床的需求。
医院文化建设及精神文明建设。医院党政领导重视医院文化建设和精神文明建设。在全院上下树立了“患者的满意就是我们工作的标准，让50%的患者满意，30%的患者高兴，20%的患者感动”的服务观。秉承“博爱、敬业、继承、创新”的院训，坚持“以人为本、以德济世、精益求精、弘扬中医”的办院宗旨，坚持中医院办院方针，先后荣获 “首都文明单位”、“中央国家机关文明单位”、“首都卫生系统文明单位”称号。